Setiap klub peserta termasuk dua klub asal Liga 2, PSCS Cilacap dan PSS, wajib menggunakan lima pemain U-23 dimana tiga di antaranya menjadi pemain utama. Sedangkan pemain asing formulanya tetap 2 (non-Asia) + 1 (Asia).
Berikut pembagian grup Piala Presiden 2017:
- Grup 1 (Sleman): PSS Sleman, Persipura Jayapura, Mitra Kukar, Persegres Gresik United
- Grup 2 (Malang): Arema FC, Bhayangkara FC, Persija Jakarta, PS TNI
- Grup 3 (Bandung): Persib Bandung, PSM Makassar, Persiba Balikpapan, Persela Lamongan
- Grup 4 (Bali): Bali United, Sriwijaya FC, Pusamania Borneo FC, Barito Putera
- Grup 5 (Madura): Madura United, Semen Padang, Perseru Serui, PSCS Cilacap